L'origine des fonds négociés en Bourse (FNB) remonte à 1989, au moment du lancement des parts liées à un indice (« Index Participation Shares ») qui visaient à reproduire l'indice Standard & Poor's, le S&P500. Un produit similaire, les parts liées à l'indice de la Bourse de Toronto ou « TIPS », a commencé à être négocié à la Bourse de Toronto en 1990. Ces parts, qui suivaient les titres du TSE 35, et plus tard du TSE 100, ont eu beaucoup de succès auprès des investisseurs. Aux États-Unis, c'est en 1993 qu'est apparue le fonds négocié en Bourse SPY, ou Spider (araignée) pour faire court (SPDR S&P500) qui réplique l'indice du Standard &Poor500, le plus important FNB. Les titres indiciels sont restés relativement méconnus jusqu'à la fin des années 90. L'Asie a suivi en 1999 avec le HongKong Tracker Fund et en Europe le STOXX50 a été lancé en 2001.  C'est la création de l'indice du Nasdaq 100 à la fin 1999 (QQQQ) que les investisseurs américains auraient compris tous les avantages qu'ils pouvaient retirer de ce produit.

Depuis, le marché des FNB a pris de l'expansion partout dans le monde et ne sont plus un secret pour plusieurs, bien qu'encore méconnus des investisseurs, selon Finance et investissement. Ils ont connu une croissance extraordinaire au cours des vingt dernières années. Au début des années 1990, les conseillers et leurs clients n'avaient accès qu'à un seul FNB canadien. En 2011, près de 190 FNB étaient cotés à la Bourse de Toronto et leur actif sous gestion (ASG) se chiffrait à plus de 40 milliards de dollars canadiens.

Aujourd'hui, la structure des FNB permet aux investisseurs d'avoir accès à un éventail de plus en plus complexe de régions, secteurs, marchandises, obligations, contrats à terme et stratégies de placement thématiques.

Chaque FNB a un symbole unique tout comme un titre boursier. Il se transige sur toutes les grandes bourses américaines, canadiennes. Le plus important FNB est le «SPDR S&P500» (SPY), ou Spider pour faire court. Le FNB SPDR S&P500 avait plus de 80 milliards d'actifs sous gestion à partir de début août 2010, il en fait de loin le plus importante FNB. Le SPDR S&P500 réplique l'indice S&P500 et est le premier FNB, lancé en 1993. Ce FNB a un ratio de frais très bas de 0,09% pour une exposition à l'indice S&P500. La famille de ce fonds est State Street Global Advisors.